On Monday, 9 February 2026, the Faculty of Biology of the University of Bucharest invites you to the conference Exploring New Chemical Space for Antibiotics with Active Learning and Bacterial Phenotypic Profiling, delivered by PhD Professor Yves Brun, from the Département de microbiologie, infectiologie et immunologie, Université de Montréal (Canada).
The event is organized within the framework of the centers of excellence project: “National Multidisciplinary Center of Excellence for Combating Resistance to Anti-Infective Treatments – ARES,” under the Health category, impact area 4.6. Development of an innovative, sustainable, and competitive healthcare industry.
The event will take place at 13:00, in the Conference Room of the Platform for Research on Systemic Biology and Ecology, Faculty of Biology, University of Bucharest (Splaiul Independenței 91-95, Bucharest).
About the conference
Antimicrobial resistance is a major global health threat, yet no antibiotics with a novel mode of action have been approved in the last 20 years. While machine learning (ML) accelerates drug discovery by optimizing molecules in known chemical spaces, it struggles to explore novel spaces where new mechanisms of action might exist. We use predictive and generative active learning ML to explore chemical space for antibiotic discovery. To enhance training, we employ bacterial cell painting, which uses fluorescent dyes to generate detailed phenotypic profiles of compound effects at high throughput. By linking these microscopy profiles to known antibiotics and whole genome CRISPRi depletion data, ML models can infer mechanisms of action. Using high-throughput microscopy screening and iterative active learning loops, we aim to identify and validate new antibiotic candidates in unexplored chemical spaces.
About the speaker
Dr. Yves Brun received his Ph.D. from Université Laval (1990) and conducted postdoctoral research with Lucy Shapiro at Stanford University on bacterial cell differentiation. After 26 years at Indiana University-Bloomington, where he was Distinguished Professor, he moved to the Université de Montréal in 2019 as the Canada 150 Research Chair in Bacterial Cell Biology. He is a Fellow of the American Academy of Microbiology, the American Association for the Advancement of Sciences, the Canadian Academy of Health Sciences, and the Royal Society of Canada. He received a Fulbright Scholar Award and the Canadian Society of Microbiologists Murray award for career achievements. He has made important contributions to our understanding of key bacterial processes such as their 3D cellular organization, cell wall synthesis and morphology, surface adhesion and biofilm formation, and the biophysics of bacterial adhesives. He is Director of the PandemicStop-AI (pandemicstopai.com) consortium to accelerate the discovery of new antibiotics. More info about Professor Yves Brun is available here.
“Exploring New Chemical Space for Antibiotics with Active Learning and Bacterial Phenotypic Profiling”, cu dr. Yves Brun, profesor la Université de Montréal (Canada)
Luni, 9 februarie 2026, Facultatea de Biologie a Universității din București vă invită la conferința Exploring New Chemical Space for Antibiotics with Active Learning and Bacterial Phenotypic Profiling, susținută de dr. Yves Brun, profesor la Département de microbiologie, infectiologie et immunologie, Université de Montréal (Canada).
Evenimentul este organizat în cadrul proiectului pentru centre de excelență – „Centru Național Multidisciplinar de Excelență pentru Combaterea Rezistenței la Tratamentele Antiinfecțioase -ARES”, domeniul de încadrare Sănătate, zona de impact 4.6. Dezvoltarea unei industrii a sănătății inovatoare, durabile și competitive.
Evenimentul va avea loc la ora 13:00, în Sala de Conferințe a Platformei de Cercetare în Biologie și Ecologie Sistemică, Facultatea de Biologie, Universitatea din București (Splaiul Independenței 91-95, București).
Despre conferință
Rezistența la antibiotice reprezintă una dintre cele mai grave amenințări la adresa sănătății globale. Cu toate acestea, progresul în dezvoltarea de antibiotice cu mecanisme de acțiune noi a fost extrem de limitat în ultimele două decenii. Metodele de Machine Learning (ML) pot accelera descoperirea de noi antibiotice prin optimizarea structurilor chimice deja cunoscute; totuși, acestea întâmpină limitări semnificative în explorarea de noi regiuni chimice, unde ar putea exista mecanisme de acțiune alternative. Conferința prezintă utilitatea metodelor bazate pe ML de învățare activă (active learning) — atât predictive, cât și generative — în vederea identificării de noi antibiotice. Îmbunătățirea performanței și antrenării modelelor ML s-a realizat prin integrarea tehnicii „bacterial cell painting”, bazată pe utilizarea de coloranți fluorescenți, în vederea obținerii de profiluri fenotipice detaliate ale răspunsului celulelor bacteriene la diverși compuși, într-un format compatibil cu testarea sistematică, la scară largă (high-throughput screening). Prin corelarea acestor profiluri de microscopie cu date provenite de la antibiotice cunoscute, și cu seturi de date CRISPRi de la nivelul întregului genom, modelele de ML pot identifica mecanismele de acțiune ale compușilor chimici testați. Astfel, integrarea metodelor bazate pe ML de învățare activă cu high-throughput screening permite identificarea și validarea de noi clase de antibiotice.
Despre profesorul invitat
Dr. Yves Brun și-a obținut doctoratul la Université Laval (1990) și a efectuat cercetări postdoctorale alături de Lucy Shapiro la Universitatea Stanford, pe tema diferențierii celulare la bacterii. După 26 de ani la Indiana University-Bloomington, unde a deținut titlul de Distinguished Professor, s-a mutat la Université de Montréal în 2019, în calitate de titular al Catedrei de Cercetare Canada 150 în biologie celulară bacteriană. Este membru (Fellow) al Academiei Americane de Microbiologie, al Asociației Americane pentru Progresul Științei, al Academiei Canadiene de Științe ale Sănătății și al Societății Regale din Canada. A primit un premiu Fulbright Scholar și premiul Murray pentru realizări în carieră din partea Societății Canadiene a Microbiologilor. A adus contribuții importante la înțelegerea proceselor bacteriene cheie, cum ar fi organizarea celulară 3D, sinteza și morfologia peretelui celular, aderența la suprafață și formarea biofilmelor, precum și biofizica aderenței bacteriene. În prezent, este directorul consorțiului PandemicStop-AI (pandemicstopai.com), dedicat accelerării descoperirii de noi antibiotice. Mai multe informații despre Profesorul Yves Brun sunt disponibile aici.